En teoria deberia funcionar igual, solo que no a toda la velocidad que puede dar.
Mejor busca un SSD m2 mas barato que sea SATA, asi no desperdicias la velocidad extra que puede dar el 960 Evo
Generalmente va mas que nada por temas de conectividad y soporte para cosas como SLI, tal como te explicaron arriba.
Yo me iría por la mas barata o la que te guste mas esteticamente, si es que las diferencias de arriba no te son importantes.