Yo lo limpio de ésta manera:
Desarmar por completo el computador, deshuesar completamente hasta el gabinete quitarle la tapa delantera, superior y laterales. Limpiar con ayuda de una brocha y una sopladora el gabinete entero. Quitar memorias RAM, tarjeta de vídeo y procesador, seguido de esto con ayuda de un pincel suave limpiar toda ranura y placa madre por adelante y detrás (siempre con la sopladora). Desarmar tarjeta de vídeo y limpiar cada parte con pincel suave. Con alcohol isopropilico y toalla nova limpiar el procesador y la tarjeta de vídeo sacando toda la pasta disipadora antigua. Rearmar todo con cuidado (obviamente la fuente de poder, discos duros, fans y memorias ram también fueron limpiados)
Siempre lo he hecho así y nunca me ha provocado un problema pero, ¿qué tienes que tener en cuenta? al limpiar los ventiladores (fan) no deben girar gracias a la sopladora ya que eso genera electricidad; debes detenerlos con alguna cinta o con tu propio dedo y evitaras posibles descargas eléctricas.